Am Ende der kurzen Helix in Motiv A gibt es das in den Polymerasestrukturen konservierte Ser240.
Es bildet Wasserstoffbrücken zu den carbonyl-Sauerstoffatomen von Gly236 und Tyr237 und stabilisiert damit diese Schleife.
In Motiv A gibt es auch ein komplett konserviertes Aspartat - in allen Polymerasen koordiniert diese Aminosäure ein katalytisch notwendiges Metallatom.
www.biologie.uni-hamburg.deAt the end of the short helix of motif A you find the structurally conserved Ser240.
It hydrogen bonds to carbonyl oxygens of both Gly236 and Tyr237 and so stabilizes this helical loop.
Within motif A there also is a completely conserved aspartate - in all polymerases this amino acid coordinates a catalytically neccessary metal ion.
www.biologie.uni-hamburg.deDie Pore ist so eng, daß Kaliumionen nur unter Verlust ihrer Hydrathülle eintreten können.
Die Koordination durch Wasser-Sauerstoff im Hydrat wird in der Pore durch die Carbonyl-Sauerstoffatome ersetzt ( Schnittbild ).
Der Energieverlust durch die Dehydratisierung wird durch die Wechselwirkung mit den Sauerstoffatomen des Proteins kompensiert, was nur durch exakt passende Abstände zu den Ionen möglich ist.
www.biologie.uni-hamburg.deThe pore is so tight, that the potassium ions have to get rid of their hydration shell to get into the pore.
The coordination by water-oxygen in the hydrate is replaced in the pore by coordination by the carbonyl-oxygen ( cutaway view ).
The loss of energy by dehydration is compensated by interchange with the protein s oxygen atoms.
www.biologie.uni-hamburg.deDas Esterstadium war die erste sichtbare Zwischenstufe, in der die vier aminoterminalen Reste des BCM7 an die Elastase gebunden waren.
Eine Nahansicht des Reaktionszentrums zeigt die Esterbindung mit dem Carbonyl-Sauerstoff in Wasserstoffbrücken-Abstand zu den Stickstoffatomen von Ser195 und Gly193 in der Proteinkette.
Der Ester-Kohlenstoff ist perfekt planar sp2-hybridisiert.
www.biologie.uni-hamburg.deThe ester stage was the first intermediate to be seen, with four aminoterminal amino acids of BCM7 bound to the elastase.
A close up view of the reaction center shows the ester bond with the cabonyl oxygen in hydrogen bridge distance to the backbone nitrogens of Ser195 and Gly193.
The ester carbon is in perfect planar sp2 hybridisation.
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